海關對保稅加工貨物的監(jiān)管模式有兩大類，一類是物理圍網(wǎng)的監(jiān)管模式，包括出口加工區(qū)和跨境工業(yè)區(qū)；另一類是非物理圍網(wǎng)的監(jiān)管模式，采用紙質手冊管理或計算機聯(lián)網(wǎng)監(jiān)管。

一、物理圍網(wǎng)監(jiān)管

所謂物理圍網(wǎng)監(jiān)管，是指經(jīng)國家批準，在關境內(nèi)或關境線上劃出一塊地方，采用物理圍網(wǎng)，讓企業(yè)在圍網(wǎng)內(nèi)專門從事保稅加工業(yè)務，由海關進行封閉的監(jiān)管。在境內(nèi)的保稅加工封閉式監(jiān)管模式為出口加工區(qū)，已經(jīng)施行了多年，有一套完整的監(jiān)管制度；在關境線上的保稅加工封閉式監(jiān)管模式為跨境工業(yè)區(qū)，目前只有一處，即珠澳跨境工業(yè)區(qū)，分澳門園區(qū)和珠海園區(qū)兩部分，在澳門特別行政區(qū)的部分是澳門園區(qū)，在珠海經(jīng)濟特區(qū)的部分是珠海園區(qū)。

二、非物理圍網(wǎng)

非物理圍網(wǎng)的監(jiān)管模式主要有以下兩種：

1、紙質手冊管理

這是一種傳統(tǒng)的監(jiān)管方式，主要是用加工貿(mào)易紙質登記手冊進行加工貿(mào)易合同內(nèi)容的備案，憑以進出口，并記錄進口料件出口成品的實際情況，最終憑以辦理核銷結案手續(xù)。這種監(jiān)管方式在海關對保稅加工貨物監(jiān)管中曾經(jīng)起過相當大的作用，但隨著對外貿(mào)易和現(xiàn)代科技的調(diào)整發(fā)展，將逐漸被聯(lián)網(wǎng)監(jiān)管模式所替代。目前尚在一定的范圍內(nèi)使用。

2、計算機聯(lián)網(wǎng)監(jiān)管

計算機聯(lián)網(wǎng)監(jiān)管是一種高科技的監(jiān)管方式，主要是應用計算機手段實現(xiàn)海關對加工貿(mào)易企業(yè)實施聯(lián)網(wǎng)監(jiān)管，建立電子賬冊或電子手冊，備案、進口、出口、核銷，全部通過計算機進行。海關管理科學嚴密，企業(yè)通關便捷高效，受到普遍歡迎，將成為海關對保稅加工貨物監(jiān)管的主要模式。這種監(jiān)管方式以分為兩種，一種是針對大型企業(yè)的，以建立電子賬冊為主要標志，以企業(yè)為單元進行管理，不再執(zhí)行銀行“保證金臺賬”制度，已經(jīng)實施了多年，形成了完整的監(jiān)管制度；另一種是針對中小企業(yè)的，以建立電子手冊為主要標志，繼續(xù)以合同為單位，執(zhí)行銀行“保證金臺賬”制度，現(xiàn)在已開始施行，今后將逐漸取代紙質手冊管理。