如果報關人確有困難暫時不能履行海關法規賦予的義務，他可以采取向海關申請擔保的方法，即在保證在一定期限內履行其承諾的義務后，先提取或發運進出口貨物，然后補辦有關手續。我國海關是從1987年7月1日起開始實行進出口貨物擔保制度的，實踐證明該制度對便利報關人，加速貨物運輸發揮了積極作用。

目前，我國海關接受的擔保有保證函和保證金兩種形式。保證金指向海關交付現金或其他有價證券來保證履行義務，而保證函是由擔保人按照海關要求向海關提交的訂有明確的權利和義務的海關文件。

在下列情況下，海關接受擔保申請：

（1）暫時進出口貨物；

（2）國家限制進出口貨物，已領取了進出口許可證件，因故不能及時提供的；

（3）進出口貨物不能在報關時交驗有關單證如發票、合同、裝箱清單等。而貨物已運抵口岸，亟待提取或發運，要求海關先行放行貨物后補交有關單證的；

（4）正在向海關申請辦理減免稅手續，而貨物已運抵口岸亟待提取或發運，要求海關緩辦進出口納稅手續的；

（5）經海關同意，將海關未放行的貨物暫時存放于海關監管區之外的場所的；

（6）經海關總置特準的其他情況。

在進出口國家限制進出口貨物和金銀制品、文物、藥品等進口控制貨物時，不能交驗也未申領到有關許可證件和其他批準證件，海關不接受受擔保申請。

對要求減免稅貨物在未辦結有關海關手續前，報關人申請擔保先期放行貨物，應交付保證金。保證金的金額相當于有關貨物的進口稅費總和。海關收取保證金后應向報關人出具《保證金收據》，報關人憑以向海關辦理銷案、退還保證金手續。在擔保期限內如果擔保人要求辦理有關貨物的進口手續，可在海關同意的情況下將保證金抵作稅款并補征不足部分或退還多余部分。

凡采用保證函方式申請擔保的，擔保人應按海關規定的統一格式填寫保證函一式兩份，加蓋印章后一份留海關備案，另一份交由報關人留存，憑以辦理銷案手續。

出具保證函的擔保人應為中國境內法人。對應納稅貨物如果要求用保證函緩繳稅款，應由緩稅單位的上級機構或開戶銀行擔保。

擔保人必須于擔保期滿前，向海關辦理銷案手續。擔保期由海關根據情況決定。對未能在擔保期內辦理銷案手續者，海關可視情況分別采取下列處理方法：

（1）將保證金抵作稅款，責令報關人按規定補辦進出口手續，并處以罰款；

（2）責令擔保人繳納稅款或通知銀行扣繳稅款后處以罰款；

（3）暫停或取消報關人的報關資格。