根據海關實施稽查針對的內容和產生的影響，海關稽查的目標可以分為直接目標和最終目標。

1．直接目標

即海關稽查直接作用于被稽查人(企業、單位)，通過對被稽查人的會計資料、報關單證及其他相關資料和進出口貨物的稽核，監督被稽查人進出口活動的真實性、合法性。因而，所追求的目標是具體的、有形的、現實的。

2．最終目標

即通過有計劃、分步驟的海關稽查，全面規范企業的進出口行為，提高進出口企業守法自律意識，防范或減少企業違法行為的發生，維護正常的進出口秩序。因而，所追求的目標是整體的、無形的、長遠的。

3．實現海關稽查目標的主要手段

為了防范和查究在進出口貨物的通關過程中和在保稅貨物、減免稅貨物的海關監管期間可能發生或者已經發生的各種走私違法情事，引導和規范從事進出口活動的企業守法經營，海關在進出口貨物已實現脫離其控制后的規定期限內，以稽查的方式有針對性稽核與進出口活動有關的企業賬冊、文件單證等商業記錄，并實地核查有關進出口貨物的使用情況或實際去向，以此保證海關對企業進出口活動的合法性、真實性進行有效監管。