季銨鹽類消毒劑為中低效消毒劑，可以作為一般消毒劑使用。原理為：
1、這類殺菌劑的作用機理主要是陽離子通過靜電力、氫鍵力以及表面活性劑分子與蛋白質分子間的疏水結合等作用，吸附帶負電的細菌體，聚集在細胞壁上，產生室阻效應，導致細菌生長受抑而死亡；同時其憎水烷基還能與細菌的親水基作用，改變膜的通透性，繼而發生溶胞作用，破壞細胞結構，引起細胞的溶解和死亡。
2、這類殺菌劑具有高效、低毒、不易受pH值變化的影響、使用方便、對粘液層有較強的剝離作用、化學性能穩定、分散及緩蝕作用較好等特點；但存在易起泡沫、礦化度較高時殺菌效力降低、容易吸附損失。如果長期單獨使用，易產生抗藥性等缺點。