截止2019年12月，南通市下轄三個區(qū)，分別為：

1、崇川區(qū)

位于江蘇省中部，長江入海口北岸，是南通市市委、市政府駐地。截止2019年12月，下轄10個街道，1個開發(fā)區(qū)，分別為：

城東街道、和平橋街道、任港街道、新城橋街道、虹橋街道、學(xué)田街道、鐘秀街道、文峰街道、觀音山街道、狼山鎮(zhèn)街道，南通崇川經(jīng)濟開發(fā)區(qū)。

2、港閘區(qū)

位于長江入海口北岸，南通市區(qū)中部，西部以九圩港河為界，與通州區(qū)平潮鎮(zhèn)隔河相望，北部與通州區(qū)劉橋鎮(zhèn)、東部與通州區(qū)興仁鎮(zhèn)接壤。截止2019年12月，下轄6個街道，1個開發(fā)區(qū)，分別為：

唐閘鎮(zhèn)街道、秦灶街道、幸福街道，陳橋街道，港閘經(jīng)濟開發(fā)區(qū)（永興街道、天生港鎮(zhèn)街道）。

3、通州區(qū)

位于江蘇省東南部，長江三角洲東北翼，東臨黃海，西枕長江，東南臨海門市，西臨南通市港閘區(qū)、崇川區(qū)，西、北與如皋市、如東縣接壤。截止2019年12月，下轄4個街道、12個鎮(zhèn)，分別為：

金沙街道、金新街道、興東街道、先鋒街道；張芝山鎮(zhèn)、五接鎮(zhèn)、川姜鎮(zhèn)、石港鎮(zhèn)、西亭鎮(zhèn)、二甲鎮(zhèn)、東社鎮(zhèn)、十總鎮(zhèn)、劉橋鎮(zhèn)、平潮鎮(zhèn)、興仁鎮(zhèn)、三余鎮(zhèn)。