1、玄武湖的歷史最早可追溯到距今2220多年前的先秦時期。從公元前221年的先秦到西漢玄武湖分別稱作秣陵湖、蔣陵湖。南朝時，玄武湖進入它在歷史上的鼎盛時期。出于帝王都“四神布局”的需要，又由于宋元嘉年間湖中兩次出現所謂的“黑龍”，湖名開始改為“玄武”。
2、從東晉到梁代，玄武湖先后有過昆明湖、飲馬塘、練湖、習武湖、練武 湖等名稱。隋唐以后，玄武湖隨著都城的北移，逐漸衰落下來。
3、到明朝玄武湖的命運再度發生變化，明洪武十四年（1381年），朱元璋選中玄武湖作為明朝中央政府黃冊的存放地，建后湖黃冊庫（相當于現在的中央檔案館）。玄武湖從此作為一代禁地，與外界隔絕了二百六十多年。