1、劇情關聯不同。03版動畫劇情前半以原作漫畫單行本前7卷劇情為基礎大幅改編，后半由于追上原作漫畫連載進度，為避免與連載中的原作漫畫出現相互沖突，轉為向原創故事發展；09版的是完全按照原作漫畫創作的，根據日本漫畫家荒川弘創作的漫畫作品改編的二度動畫化作品，采用原作漫畫劇情。
2、集數不同。03版動畫于2003年10月4日開始在日本MBS/TBS系電視臺播放第1話，直至2004年10月2日播放最終話，全長51話；2009年4月5日，由BONES制作，入江泰浩任監督，大野木寬任系列構成的電視動畫《鋼之煉金術師 FULLMETAL ALCHEMIST》正式開播，全長64話。