EM菌在水產養殖中有著普通藥物不可替代的作用，為了降低養殖成本，我們可以在池塘邊自己配制EM菌。

1、首先，準備一個容量1000公斤且下邊帶有水龍頭的白色塑料桶（兩個可裝500公斤的塑料桶也可），然后用井水將塑料桶內壁沖洗干凈晾干待用，晾干后的塑料桶放在合適方便的地方，底部用磚塊墊穩、墊牢。桶內加入四分之三的井水，放置24小時后等待加入EM菌種和培養基。

2、將準備好的60斤紅糖加入桶內充分溶解、攪勻，然后加入專用培養基，攪拌20分鐘后加入菌種，再次攪拌10分鐘蓋上蓋子讓其自然發酵。

3、加入菌種后的第1~3天，每天早上7時左右，擰開蓋子放氣20分鐘，同時用棍子攪拌發酵中的菌液15~20分鐘，然后擰緊蓋子讓菌液繼續發酵。第4~7天每天早上7時左右和下午3時左右各擰開蓋子放氣20分鐘，同時用棍子攪拌發酵中的菌液15~20分鐘，然后擰緊蓋子讓菌液繼續發酵。

4、第四天開始檢測pH值，達3.8以下完成培育，未達到繼續培育，合格后密封保存或使用。培育中產生懸浮物是正常現象，一般溫度高容易產生。如果溫度偏低，培育的EM氣體將減少。培育成功菌液可發出酸甜的酒香味，菌液表層有一層菌斑是正常現象。培育中有異味是很正常的，如pH檢測合格可透氣兩天，如果異味還很嚴重，有可能是培育失敗了。