1、培養方向不同。學術碩士，以培養教學和科研人才為主，專業碩士，培養具有扎實理論基礎并適應特定行業或職業實際工作需要的應用型高層次專門人才。 校內培養方式不同，專業碩士要求有校外實習導師。
2、報考條件不同，招生專業不同，招生考試不同。專業碩士部分專業參加的是聯合考試，比如管理類聯考、經濟類聯考。調劑要求不同，一般情況下，考研調劑，學術碩士可以調劑到專業碩士，但專業碩士不能調劑到學術碩士。
3、學習方式不同，學術碩士學制一般為3年，專業碩士學制為2-3年，頒發的學位不同，學術碩士頒發普通的碩士學位，而專業碩士頒發的是專業學位。