1、原發病治療：

大部分器質性疾病需針對原發病治療。

2、一般治療：

保持心情愉快，避免過度勞累及精神緊張；進餐時細嚼慢咽，勿狼吞虎咽；飲食規律、均衡，避免暴飲暴食；避免食用產氣性食物或飲料，如洋蔥、韭菜、生姜、生蒜、薯類、甜食、豆類、面食、牛奶、高蛋白的食品以及碳酸飲料等；餐后適當運動。

3、藥物治療：

包括消化酶、胃腸促動力藥物、益生元及益生菌等藥物。

4、特殊治療：

對嚴重腹脹患者，根據病情可采用胃腸減壓、肛管排氣等措施。

5、菌群移植：

糞菌移植作為一種歷史悠久且可以重建腸道菌群的治療方法是近幾年的醫學突破。對于有小腸細菌過度生長癥狀的患者，糞菌移植有望成為一種很好的治療選擇。