1、投資主體不同：股份公司的投資主體可以是自然人，也可以是法人;個人獨資企業的投資主體只能是自然人。

2、法律形式不同：股份公司屬于法定的民事主體，具有法人資格;而個人獨資企業屬于非法人組織，不具有法人資格。股份公司的名稱應該帶有“有限責任公司”字樣，而個人獨資企業的名稱則不能稱公司。

3、設立條件不同：股份公司的注冊資本最低限額為人民幣10萬元，股東應當一次足額繳納公司章程規定的出資額;個人獨資企業的設立并沒有法定注冊資本最低限額的限制，只需“有投資人申報的出資”即可。另外，股份公司的貨幣出資金額不得低于有限責任公司注冊資本的30%。而個人獨資企業對出資形式未作任何強制性規定。

4、投資者責任承擔不同：股份公司的股東以認繳的出資額為限承擔“有限責任”，僅在股東不能證明公司財產獨立于股東自己的財產的情況下對公司債務承擔連帶責任;個人獨資企業的投資人以其個人財產對企業債務承擔無限責任。