1、手術切除

2、穿刺療法

3、西醫療法

4、中醫食療

手術切除：采取手術方法，切除囊腫壁的腎外部分并引流。這種治療方法被證實療效頗佳。但是這個治療方法適用于，保守治療后無效果的患者，而且需要根據患者自身的情況，來決定是否能采取手術治療。它的優點是治療徹底，但損傷大，恢復慢且費用較高。

穿刺療法：對于4cm大小的腎囊腫患者，可實行穿針刺療法，從皮膚刺入囊腫，吸出囊液，暫時性減輕疼痛。這么做雖然避免了開刀之苦，但穿刺后病情易反復發作，對患者造成了極大的損害。而且腰部會遺留較長的手術疤痕，囊腫在手術半年后還會繼續增大。腎穿刺優點是治療簡單，不用太痛苦且費用較低，任何部位的囊腫除腎盂旁囊腫外，都可治療，缺點就是易復發。

西醫療法：西醫治療方法見效快優勢突出，但具有一定的副作用傷害，一般不建議患者，長期使用西醫治療方法。

中醫食療：中醫食療大多注重扶正固本，理氣活血，標本兼顧。中醫食療方法大多見效比較慢，但是效果穩定，副作用少，不宜復發。現在治療腎囊腫多以該方法為主。比如吃點藥用真菌“瑞芝堂蛹蟲草”，其性溫和而無毒、無火，能改善肝、腎、肺等臟器的細胞動力學狀態和總體代謝，有利于體內有毒廢物或其它藥物殘毒的排除。