1、消化系統
2、神經精神系統
3、代謝/內分泌系統
4、其他
消化系統：可有口干、輕度惡心、嘔吐、腹脹、便秘、腹瀉、腹痛等；丙氨酸氨基轉移酶（ALT）、天門冬氨酸氨基轉移酶（AST）和膽紅素可有升高，一般是輕微和短暫的，大多不影響治療。另外國外資料報道在長期使用奧美拉唑治療的患者的胃體活檢標本中可觀察到胃粘膜細胞增生或萎縮性胃炎的表現。
神經精神系統：可有感覺異常、頭暈、頭痛、嗜睡、失眠、外周神經炎等。
代謝/內分泌系統：長期應用奧美拉唑可導致維生素B12缺乏。
其他：可有皮疹、男性乳房發育、溶血性貧血等。