海關行政復議案件實行合議制審理。合議人員為不得少于3人的單數，合議人員由海關行政復議機構負責人指定的行政復議人員或者海關行政復議機構聘任或者特邀的其他具有專業知識的人員擔任。對于事實清楚、案情簡單、爭議不大的海關行政復議案件，也可以不適用合議制，但是應當由2名以上行政復議人員參加審理。

海關行政復議機構負責人應當指定一名行政復議人員擔任主審，具體負責對行政復議案件事實的審查，并且對所認定案件事實的真實性和適用法律的準確性承擔主要責任。合議人員應當根據復議查明的事實，依據有關法律、行政法規和海關規章的規定，提出合議意見，并且對提出的合議意見的正確性負責。

海關行政復議機構審理行政復議案件應當向有關組織和人員調查情況，聽取申請人、被申請人和第三人的意見；海關行政復議機構認為必要時可以實地調查核實證據；對于事實清楚、案情簡單、爭議不大的案件，可以采取書面審查的方式進行審理。

海關行政復議機構提出案件處理意見，經海關行政復議機關負責人審查批準后，作出行政復議決定。